A világon habár nem közismert a tény, de a kormányok tisztában vannak a boszorkányok létezésével. A legtöbb országban létezik olyan szervezet, amely a boszorkányok levadászásával foglalkozik. Ez a szervezet a STN, melynek Japánban működő alszervezete az STNJ.
Ehhez a csoporthoz kerül helyettes vadászként Robin, a 15 éves lány, aki maga is bűbájhasználó, a tűz az eleme. Az előző vadász ugyanis tisztázatlan körülmények között eltűnt, mint később kiderül, boszorkánynak nyilvánították és az STNJ fő vadásza, Amon kapta el.
Robint csendes és visszahúzódó természete ellenére, vagy éppen ezért elég hamar befogadják, és miután szemüveget kap és ezáltal képes fókuszálni hatalmát vadászként is hasznos tagja lesz a csapatnak.
Robin tehetsége viszont nemsoká átokká válik, ugyanis túlságosan is jól képes azt használni, ezáltal veszélyt jelent a „normális emberek társadalmára” és vadászból prédává válik. Az STNJ-nél dolgozók viszont továbbra is barátként tekintenek rá, így legalább ellenük nem kell harcolnia. Európából viszont számtalan nagyhatalmú vadász érkezik, hogy levadássza őt.
A történet végére fény derül az árva lány származása körüli rejtélyre. Arra, hogy miért nem végeznek az elfogott boszorkányokkal, és hogy a boszorkányok kik is és miért bírnak az átlag emberekénél nagyobb hatalommal.
A Witch Hunter Robin története az ember ismeretlentől való örökös félelmét mutatja be. Azt, hogy az ember természeténél fogva ellenségének tekint mindent, ami nála erősebb, nagyobb hatalommal rendelkezik, vagy bármit, amit nem tud hatalmába keríteni. A boszorkányoknak, habár néhányuk valóban veszélyes, többségében csak annyi a bűnük, hogy másnak születtek. Az anime fő kérdése, hogy el lehet-e ítélni embereket azért, mert születésük okán mások. Alternatív véleményeket találhatunk az animében, mind az igenleges, mind a nemleges válasz mellett, melyeket az alapkarakterek szájába adtak a készítők. Mivel a kérdés túl összetett és bonyolult, hogy megválaszoljuk így itt sem kapunk egyértelmű választ, csupán annyit, hogy az idő majd eldönti. Az anime ezáltal eléggé nyitott marad. Összességében nagyszerű alkotás, érdemes megnézni, tudom ajánlani, de mindenki készüljön fel, hogy a sorozat végén a történet nem ér véget.